钢炼的主线剧情是兄弟俩恢复身体的探索过程。

最开始的故事，全部都是铺垫，真正的剧情，是从休斯遇害之后，才慢慢展开，各方势力明争暗斗。

一方面罗伊部署钓出军中黑幕，一方面爱德华继续追求回复弟弟身体的可能性。

中间穿插着斯卡的复仇，爱德华他们师父的黑历史，新国人们入队，以及大总统身份的暴露。

罗伊用自己愤怒的火焰烧死了人造人拉斯特（色欲），爱德华方面领悟出弟弟可以回复原本的身体的线索。

他们各怀心思，都为了自己的目标，用各自的方法前进着。

《钢之炼金术师》之所以被人们津津乐道，正是因为他那环环相扣，层层相叠的故事。看似互不相干，但是他们前进的方向，早已经在某种力量的指引下，指向了同一个地方，平静的表面之下，是暗流涌动的残酷争夺！

尽管最终的目的并不相同，但是这里有意见他们都要去做的事情，于是爱德华等人、罗伊大佐等人、新国皇子姚麟等人展开合作。

伊修巴尔人斯卡要杀国家炼金术师，而人造人要杀斯卡，爱德华、罗伊大佐都是国家炼金术师。

为了抓到人造人，于是他们就利用自己，将斯卡引诱出来，然后利用斯卡钓人造人。

人造人非常强大，但是经过一番辛苦的战斗，他们成功将格拉托尼（暴食）捕获，但是姚麟的忠实手下兰芳损失了一条手臂，同时罗伊大佐的算盘，也被大总统察觉——大总统也是人造人之一拉斯（愤怒）。

在这个小高潮之后，又蒙上了一层紧张感，让读者始终为爱德华等人捏了一把汗。

但是，格拉托尼（暴食）因为看到了杀死了拉斯特（色欲）的罗伊，于是暴走了，他从嘴巴到肚子上裂开了一张仗着巨大眼睛的黑色的大嘴——就如同爱德华当初打开真理之门时的那样。

暴走的格拉托尼（暴食）将姚麟、爱德华以及人造人恩维（嫉妒）全部吞了下去，与此同时，得到大总统就是人造人这个重要消息的罗伊，意图在军部中拉拢其他高层势力对抗大总统，但是他猛然发现，整个军部都已经落入了大总统——也就是人造人拉斯（愤怒）的掌控。

罗伊自以为是的底牌，对大总统而言，根本无足轻重。

他犹如一个戏耍猎物的老猎人，没有杀罗伊，将罗伊留在了自己的身边，在两人的闲聊中，将罗伊招揽的手下全部调走，架空罗伊，同时将罗伊最重视、最重要的莉莎中尉调到了大总统府——也就是他的身边，让罗伊不得不屈服与大总统的威胁之下。