其后百年之间，魔道大小门派卷土重来，强攻蜀山。十二位弟子虽竭力抵抗，奈何道行所限，死伤过半，御剑门弟子更是死伤无数，一时间蜀山仙境竟变为人间炼狱。而三十六小峰均被占领，只留六大高峰。整整两年后才将魔道赶下蜀山。

剩下的六位弟子遵守师训，欲重建蜀山。谁知神树因受魔道所染，竟有枯竭之势，从此蜀山天灾不断，灵气殆尽，山后通天河“九幽”更是水淹六峰。六弟子见状，颇为着急。几经商议之后决定留最小的弟子韩熙子，为御剑门续脉，其他五人则将自身百年灵力注入神树之中，化为乌有，终使神树恢复往日神迹，蜀山才得以保留下来。

但这仅存的韩熙子，资质相对平庸，慧根较低，导致御剑门不复坤雷老母那般风光。反因古卷《灵霄剑诀》的原因，惹得各路门派为此垂涎，纷纷上山争夺，若不是关键时刻金光神剑突显神威，御剑门恐怕早已销声匿迹。

之后三百年间，御剑门逐渐被世人遗忘，人间门派再也无御剑门的地位。六峰之中除主峰神木峰之外，其余五峰早已成绿林好汉的劫道据点。一时间惹得世人以为御剑门早已堕入魔道，犹如淤泥。御剑门虽多次讨伐，怎奈何门中弟子全是平庸之人，竟打不过这群山贼，反倒死伤惨重，自此御剑门闭山修炼，彻底消失在视野之中。

直到六百年后，御剑门第九代传人之中，出现了一位天生仙骨的绝世修仙奇才——法玄真人。

这法玄真人本名水澜心，是金耀城城主家的三小姐，从小过目不忘，饱读群书，对仙家道术格外喜欢，十二岁时便将所有道家书籍牢记于心，故欲拜师学艺，修仙问道。然，其父得知此事后大怒，对她怒声喝道:“一个女儿家整日尽想些那虚幻缥缈之事，却不知手中女红有何用，你的两位姐姐，相夫教子蕙质兰心，早已是出了名的好妻女，再看看你，如此这样成何体统，金耀城的脸可不能被你丢尽！”便将她关在家中，这一关便是三年之久，打算挑个日子把水澜心嫁出去。

就在结婚的前一日，城主将水澜心放了出来，派人跟随她去城中置办嫁妆。午饭之后，水澜心故意装作胃痛，在茅房之中铺开包袱，取出一把匕首割断长发，然后戴顶烂草帽，化为一个乞丐从茅房之中溜了出来，朝蜀山而去。

途中千辛万苦，路过六大高峰时险些被山贼要了性命，正巧遇到御剑门第八代掌门陆道人下山寻觅修真传人，发现这水澜心虽为女子，但却一身仙骨，是千年难得一见的天选之人，随即将其救出，收为入室弟子。

水澜心入门之后，仅用半年时间便将御剑门入门剑术掌握的炉火纯青，堪称奇才。陆道人心中大喜，破例将水澜心收为闭关弟子，年仅十七岁。

在这以后水澜心将陆道人所传道法剑术已练成登峰造极之势，在御剑门所有弟子中独占鳌头。致至最后，修为百年的陆道人也只能和水澜心打为平手。

陆道人见自己的爱徒如此厉害，激动的留下眼泪，果断将水澜心带到蜀山圣地神木林中，将《灵霄剑诀》传授于她，让她自行修炼，从此蜀山神木林变为禁地。